Chuột nai xưa kia vốn là động vật hoang dã, thường làm tổ ở những khu vực ngoài trời có cây cối che phủ, nhưng do đô thị hoá của con người đã xâm lấn nhiều vùng đất tự nhiên và do khả năng thích nghi nhanh chóng của loài, mà phần lớn các quần thể của loài này đã trở thành động vật đô thị. Hiện nay, loài này thường được tìm thấy ở nông thôn, khu vực ngoài trời, các khoảng trống có cây hoặc có mái che quanh nhà nghỉ, nhà kho.

Nơi ở của chuột nai là tổ được nó tận dụng các hốc, hang tự nhiên và được lót thêm bằng các mảnh vụn từ cành cây, lá,... Tuy nhiên, chuột nai có thể xâm lấn vào khu người ở như nhà để xe, nhà kho, thậm chí ở các hòm đồ, đồ chơi nhồi bông, ngăn kéo, lỗ rỗng trên tường và đặc biệt lí tưởng là tầng hầm.[4][5] Nó có thể xâm nhập vào nhà ở qua các khe hở nhỏ chỉ bằng đồng xu.